ギャラクティカトマホークスマイル (Galactic Tomahawk Smile)
「笑顔」で国立コバーン小学校の羈絆門にのみ登場するHS。巨大で、何体ものHSが融合したかのような姿形を持つ。ギャラクティカトマホークスマイル自体は移動しないがミサイルを激しい頻度で発射する。
ミサイルは低速で撃ち落とすことも可能だが、ミサイル攻撃の合間を縫ってギャラクティカトマホークスマイルを攻撃するのは困難である。ダンの魔弾あるいはマスクのファイナルサーカスには弱く、一撃で駆除できる。
ブラックヘヴンスマイル (Black Heaven Smile)
「笑顔」で国立コバーン小学校のイベント戦闘にのみ登場するHS。斃れたグレッグ・ナイトメアの身体から現われた全身黒色のヘヴンスマイル。
ガルシアンの黄金銃を除くあらゆる攻撃は無効化される。攻撃力も高く1度の自爆で人格1名が死に至る。
ホッパーマン (Hopperman)
「hopper7」モードにのみ登場する、一種のお遊びキャラクター。ghmのシンボルマークの姿を模したデザインで、バッタの着ぐるみを着た中年男といった風体である。
ゲーム開始直前に「最強凶悪な“笑う顔”」と称されているが、これは諧謔であり実際は体のどこを撃とうと一撃で駆除される、実質的に最弱のキャラクターである。他のHSの都市迷彩とは異なり、半透明の姿で現われる。
マニャック フォーク 苺姫 夕べの鐘 オロシ メイド セル チウム スケート オカラヌス ジャグ スマイル 平安夢 リッジ ブング トランプ クション カセット スピリ ラフォーン シーダ トリプル ビロード ウエルト リング ネゲブ あかぼり ピグミー ラッフル シンカー リスク だいふく マシン バルク フリスビー キエフ ミルミル マルキ タッチ セグメント ネブラス セニョー ハマス とりゅふ アップ リヤス ラピス べにかば メモ スキーデ
物語の真相
「分身」終盤の展開
「分身」の章終盤において、唐突に舞台がニューヨークに移動し格闘ゲームめいた決闘シーンが展開され、ハンサムピンクはラブ・ウィルコックスとなりガルシアンと会話する。ここでガルシアンが「ゲームの中の世界が現実と繋がってしまった」と考えているように、この決闘シーンはオンライン上にアップロードされたゲーム『Hardboiled Shooting killer7TM ONLINE』の一場面であり（この事は後に流れるエンディング画面でより強調される）、同時にガルシアンとラブにとっての現実である。ラブは現実と虚構をクロスオーバーさせる能力を持つシナリオライターであり、エレクトロ&ライン社に利用されていた。同社にトレヴァーを殺された仇討ちを誓ってラブは姿を消し、クン・ランは遊んでいた『killer7TM ONLINE』の電源を消してこの章は完結となる。
ラブのその後について作中では語られないが、『コンプリートガイド』において小林プロデューサーは、ラブは単身エレクトロ&ライン社を「潰しに行った」と表現し、また1クリエイターであるラブの大手メディアとの戦いは困難な道のりとなるであろうことも示唆している。
合衆国選挙の陰謀
「笑顔」の章では2つの謀略が平行して語られる。1つは合衆国で行なわれる大統領選挙にまつわる陰謀である。合衆国では多く、大統領選挙会場に学校が選ばれる。各地の学校を統括する文部省は開票直前にこの票をすり替え、文部省の望む結果を出していた。すなわち大統領は実質的に文部省の傀儡であり、国家を動かしているのは文部省長官だったという事になる。マツケンは「笑顔」の章で現職の文部省長官グレッグ・ナイトメアを絞殺し、合衆国の屋台骨を揺るがそうとしている。
『Hand in killer7』中の年表には、ハーマンがコバーン小学校の設立者であり、また同校で合衆国初の大統領予備選が行なわれた事が記されている。この事からハーマンが合衆国建国以来、大統領選出に関わってきた事が分かる。
八雲会の存在
国立コバーン小学校で得た情報によって「笑顔」の章におけるもう1つの陰謀、「八雲会」の存在が明らかとなる。同校は「ある他国」の支配下にあり、生徒は偏向した英才教育を施され、優秀な者が八雲会会員に選出されるという。八雲会の目的は合衆国の中枢に浸透し、国家を積極的な派兵・武力行使に導くことにある（これはゲーム発表当時のアメリカの対外政策のカリカチュアである）。八雲会を組織した国家は作中明らかにされていないが、その名前から八雲こと八雲当事内閣政策論と密接な関係を持つことが推測できる。
コバーン小学校に保護されたエミール・パークライナーもまた八雲会の影響下にある。しかしその一方で、彼はホテル・ユニオンで八雲会を標的として6名（スミス同盟）を射殺しており、『コンプリートガイド』で小林プロデューサーはこの6名は国家機密に接触したためにエミールに暗殺されたと説明している。これはエミールが八雲会の範疇に納まりきらなかったことをも示しており、また彼が小学校でハーマン直々の指導を受けたと思われる事にその原因を見ることもできよう（劇中ではエミールの専任教師の正体は某「同盟」に関連する「元学長」としか表現されていないが、『Hand in killer7』においてハーマンは同校の初代学長であったと確認され、また「悪魔の専任教師」と記述されている）。
多層人格の条件
『Hand in killer7』では、一時的にハーマン・スミスの主治医となったグラハム・マカリスター博士の手記という形で、具体的に多層人格についての説明が加えられている。ここでは多層人格の交替人格は（いわゆる多重人格の交替人格と異なり）実在の死者をもとに構成されるとされ、劇中「笑顔」の章での描写に裏付けを与えている。
他にハーマンが任意の死体を意思の力で粒子化し、自己の体内に吸収する「儀式」によって多層人格が構成されること、また多層人格の形成にあたり死体はハーマンの肉体に「適合」しなければならず、不適合者は残留思念となること等が書かれている。ただしこの説明自体がマカリスター博士の一人称で書かれた主観に基づく手記という設定であるため、虚構や誤謬を含む可能性も本文中で指摘されている。
エミール・パークライナーの正体
序章よりその存在が仄めかされた「エミール」は、「笑顔」の章において徐々に正体が顕になっていく。コバーン小学校でプレイヤーは犯罪の遺伝子を持つ少年エミール・パークライナーが戸籍を改竄され、同校でハーマンらしき人物に教育を受けた事を知る。さらにホテル・ユニオンでガルシアンが過去の事件を追体験する一連の映像によって、殺人鬼「ハートランド」ことエミールが6名の男女（後のkiller7）を殺していく様が語られる。ここでガルシアンの正体が記憶を失ったエミールである事が明らかになり、ガルシアンはエミールと相対し、自己のアイデンティティを再構築する事となる。
劇中でガルシアンが相対するエミールのビジョンは少年のものであり、額に第三の目を持つ（これは『Hand in killer7』においてディミトリとの関連性を強くうかがわせる材料にもなっている）。エミールは生来持つ犯罪の遺伝子と偏向教育の結果、弱冠13歳にして完璧な殺人鬼となっており、政府の管理下で殺人を行った。ホテル・ユニオンでの連続殺人の後、エミールはハーマンに「保護」され、ガルシアン・スミスとしてkiller7の一員となっている。
ホテル・ユニオンで起こった「killer7」
エミール・パークライナーによるホテル・ユニオンでの6人連続殺人事件と、コバーン小学校での変死体発見事件（犯人の名は劇中では伏せられているため、エミールの仕業であるかは不明である）を併せて、被害者の人数から付けられた「戒名」がkiller7である。
被害者達は（作中主人公として描かれるスミス同盟とは別に）「スミス同盟」と呼ばれる集団で、主宰を含め7名から成る存在であった。そのメンバーがダン、カエデ、ケヴィン、コヨーテ、コン、マスクら後の第二次スミス同盟の構成員であることは「笑顔」の章の回想で明白である。主宰について劇中では名前が挙がらないが、『killer7: OFFICIAL STRATEGY GUIDE』においてハーマンが主宰であったと明らかにされている。各殺害の詳細は下記の通りである。
ホテル・フロント - ケヴィン、フロントで勤務中に振り向きざま射殺される。
ホテル・Room#203 - コン、部屋の窓際で外の様子に注意を向けていた所を背後から射殺される。
ホテル・Room#306 - マスク、シャワー中に室内に闖入され射殺される。
ホテル・Room#404 - カエデ、逃げ込んだ部屋のクローゼットで扉越しに射殺される。
ホテル・Room#502 - コヨーテ、エミールと交戦状態になり部屋で待ち伏せしていた所を、隣室のバルコニーから迂回してきたエミールに窓越しに射殺される。
ホテル・Room#601 - ダン、エミールと対峙し互いに突き付けた銃を撃ち合うも、エミールに届かず射殺される。
コバーン小学校 - ハーマン、校長室の金庫の中から死体となって発見される。
ゲーム中ではこれらは「八雲会を狙った犯行」と表現されているが、『コンプリートガイド』『Hand in killer7』では暗殺対象が「八雲密議会」あるいは「密議会」という表現に変わっている。小林プロデューサーは『コンプリートガイド』において、密議会と八雲会は直結した存在であるとしているが、この表現の変遷について特に説明はない。なお『Hand in killer7』中の年表によればスミス同盟7名が暗殺された後も密議会自体は存続しているため、スミス同盟もまた密議会と密接ではあるが別個の（あるいは密議会が包括する）組織であると考えられる。
劇中「笑顔」のラストシーンで、ガルシアンはホテルの屋上で当時のエミールという自己の鏡像に出会い、このエミールはガルシアンに第三の眼を撃たれるというトリガーを経て口中に銃を銜え自害する。これが過去に起きた事実なのかガルシアンの心象風景なのかは定かでないが、エミールがホテルでの犯行の後、屋上で瀕死の状態でハーマンに保護されていることにヒントを求めることはできよう（瀕死という描写は『Hand in killer7』より。またこの時点でハーマンは既に小学校で死んでいるか直後に死亡する筈であるが、この混乱は後述するハーマン・デルタヘッドとハーマン・スミスの両者が同時に存在していたことに起因すると言える）。
ガルシアンの鞄
ガルシアン・スミスは常に鞄を携帯し、死体回収時には人格の首が入った袋を鞄に入れて回収する。一方「笑顔」の章ラスト直前、自身がエミールであることを理解し錯乱したガルシアンは、手元の鞄を開く（この伏線として、章序盤にエド・マカリスターが鞄に言及している）。この時鞄の中には、スミス同盟の人格6人分の武器が入っている。
この矛盾する2つの描写の意味するところには大きく解釈の幅があるが、解釈に正誤の答は与えられていない。
戦艦島の内部
終章「獅子」でガルシアンは朽ちたビル群の中にある広場「コロシアム」に到達する。ここは過去、羈絆門の中継地として通過してきたコロシアムと同様の場所で、ガルシアンは従来素通りしてきた中央階段をこの時はじめて下りることになる。地下の通路の先はハーマン部屋とガルシアンの家に繋がっており、やはり従来素通りしてきた地下室に下りると、そこには最後の「笑う顔」がいる。
その物理的な位置とスペースの異常さから、終章以前に登場していたハーマン部屋が内的世界の表現あるいは何者かに用意された虚構の類であったことは明白である。一方この章で描かれているハーマン部屋が現実の存在なのか、それともこれもまた虚構なのかは一切がプレイヤーの想像に任せられているが、このハーマン部屋がコロシアムの地下に存在する事が手掛かりの一端にはなろう。『killer7: OFFICIAL STRATEGY GUIDE』では戦艦島のコロシアム（ここでは羈絆門を含む）について、精神的な絆が集束される場所と説明されている。羈絆門はハーマンの意識の一側面でもあり、同時にクン・ランの想像上の場所でもあり、また実存する「笑う顔」の工場という一面も持っているという。
ラスト・ショット
戦艦島にいる最後の「笑う顔」がラスト・ショットである（呼称は『Hand in killer7』より）。ラスト・ショットの死により世界から「笑う顔」は根絶される。「獅子」の章においてガルシアンはラスト・ショットを追い詰めるが、その姿はイワザルの着ていたボンデージスーツに酷似する。そして黄金銃で撃ち抜かれ倒れたラスト・ショットの顔はクン・ランそのものであった。
イワザルの正体がクン・ランであったのか、あるいはクン・ランがイワザルの姿を使ってガルシアンを最後まで弄んだのか、やはり明快な解答はプレイヤーに与えられない。過去のイワザルの言行には背後にクン・ランの存在を思わせるものがあったのは事実であるが、同時にそれがミスリードである可能性も捨てきれず、結果的にこの疑問を正答の無いものにしている。
ハーマンとクン・ランの関係
二人は劇中しばしば描写されるように親しげにチェスをする友人であるが、同時に利害の一致しない敵同士でもある。その要因は二人の思想あるいは立場にあるとされ、『Hand in killer7』においてディレクター須田剛一は両者はそれぞれ国家（ハーマン）とテロリズム（クン）を象徴する存在であるとしている。「獅子」の章ラストで一旦二人の戦いは（ガルシアンあるいはエミールという個、異物によって）絶たれたかに見えるが、その100年後、二人は何事も無かったかのように再び戦いを始める。これは須田自身が「終わりなき戦い」と表現するように、国家とテロの戦いが歴史の上で起こり続けると言う暗示であろう（『Hand in killer7』年表において二人が出現を恐れる「彼」がこの戦いに楔を打ち込む存在であるとも考えられる）。
こうした比喩を措けば劇中、二人は目に見えた戦いをしない。作中でハーマンとクン・ランが直接対決する場面は常にハーマンがクン・ランに効果のない銃弾を撃つばかりであり、二人はkiller7と政府・「笑う顔」などを駒として遊んでいるかのように描かれている。作中で両者の胸中が明確に描写されることは無いが、『Hand in killer7』で須田が「天使」の章におけるクン・ランの行為を「出来心」「冗談」と評しているように、少なくともクンの側は遊び心を持って行動していると言える。
マツケンとガルシアンの選択
「獅子」の章においてプレイヤーの操作するガルシアンがマツケンを殺さなければ、彼の根回しによって国連軍が合衆国を攻撃する。マツケンを殺せば弱体化した日本を合衆国が消滅させる。対照的な結果であるが、100年後に上海で再びハーマンとクン・ランの戦いが始まる事に変わりはない。これはマクロな視野で見れば日本や合衆国の興亡も、国家とテロ（言い換えればハーマンとクン・ラン）の戦いの歴史の一断面に過ぎない事を示している。
ディレクターの須田自身は作家として過去から一貫してマルチエンディングに否定的な立場を取っていたが、『Hand in killer7』において須田はこの選択を、本作を世界規模で発売する上で用意した「経緯」であるとしている。どちらの経緯を選ぶかはプレイヤーの判断、好みに任せるというサービスあるいはエクスキューズとしての選択肢と言えよう。
サマンサの素性
サマンサの姓名は劇中「サマンサ・シットボーン」とテロップで表記されているが、鳩書簡中に現われる（サマンサが書いたと思われる）署名には「Samantha smith」（サマンサ・スミス）と綴られている。スタッフロールのキャスト表記においても同様に「Samantha Smith」であった。この差異について劇中では無視されているが、『Hand in killer7』の年表ではハーマンの下僕としての人格が「サマンサ・シットボーン」、一時的な（killer7が活動休止中の）戦闘人格が「サマンサ・スミス」であると書かれており一つの説明となっている。
同年表では密議会と何らかの関係を持つと考えられる「女の殺し屋」がスミス同盟を（おそらくはハーマンとガルシアンを除く全人格を殺害し）壊滅に追い込んだ末、ハーマンに倒された事件が書かれているが、年表にはこの一件とサマンサ・シットボーンが多層人格に取り込まれた事が併記されているため、「女の殺し屋」がサマンサであったと強く匂わせる記述となっている。
ハーマン・スミスとハーマン・デルタヘッド
『Hand in killer7』の年表中に、「ハーマン・デルタヘッド」という人物が登場する。これは劇中登場しなかった名であるが、元来はハーマン・スミスの本名だとされる。殺し屋となりディミトリによって多層人格に目覚めたハーマンはスミス姓を名乗り、一方彼の中のディミトリを拒絶した人格は「ハーマン・デルタヘッド」として分離、別行動を取ることとなる。
ハーマン・スミスとハーマン・デルタヘッドは年表の中でも頻繁に死と復活を繰り返しており、なおかつ年表から省略された描写もあると考えられ、この二者の軌跡を追うのは困難である。
スミス同盟の構成
『Hand in killer7』のインタビュー中で須田剛一は、劇中で描かれているスミス同盟の主人格は実はガルシアンであり、この際のハーマンは「死者の実体化」という能力を持つ人格だとしている。すなわちガルシアンがハーマンに仕えている状態は（物語上の必然であると同時に）この支配関係を隠すミスリードという事になり、この説明はガルシアンの家の中でのハーマンの相反した扱われ方とも符合する。ただし、須田はこの発言の直後に発言自体が嘘である可能性をも示唆している。
Jaco's Report
「Jaco's Report」または「Jaco Checkbox's Reports」は『Hand in killer7』の人物紹介ページに併載された小説である。Jaco Checkbox（ジャコ・チェックボックス）と名乗る人物がエミール・パークライナーに宛てたメッセージという形式の一人称小説で、掲載されたページの人物紹介に関連した物語が語られるという趣向になっている。作者はフリーライターの大岡まさひ。『Hand in killer7』中、本編のストーリーに関わるテキストの中では唯一の記名原稿となっている。
Jaco's Reportの中で、ジャコは「笑う顔」に妻子を殺された復讐に燃え、「最後の一体」を倒すために事象の連鎖反応を起こそうとする（この背景には膨大なデータを基に未来予測を行なうコンピュータプログラム「ミス・ジェイコブ」の存在があるが、その予測自体も八雲を始めとする「絵図」の影響下にあるという）。ウルメイダとカーティスはジャコの思惑通り暴走し、ジャコはサマンサを傀儡としてガルシアン以下killer7の行動を操作する。この物語の中では28年前に日本・合衆国・東の大国の3国が描いたシナリオの下に全てが進行し、同時に因果律の制御という不可能事が生んだ歪み、異分子である「笑う顔」とkiller7は無意識的にシナリオを破壊しようとする（その戦いの結末がゲームのエンディングであると言える）。
作中ジャコ自身が言及する所によれば彼のメッセージには重大な虚偽がちりばめられているとされ、この物語のうち何が真実なのかがきわめて曖昧にされている。唯一ジャコ本人が真実と認めるメッセージでは、ジャコの正体がエミールの知るきわめて近しい女性である事が示唆されているが、これが誰を示すのかは完全に伏せられている。極言すれば劇中の女性キャラクターであれば（あるいは劇中に登場しない人物であっても）およそ誰もが該当しうるように書かれており、すなわちこの物語が実際には何も意味していないという可能性が残されている。この点と、作者名があえて詳らかにされている事実も相まって、この小説の公式性には些かの疑いが与えられている。